กระทรวงวัฒนธรรมและศิลปกรรมแห่งราชอาณาจักรกัมพูชา ได้ออกหนังสือประท้วงไทยอย่างรุนแรง และปฏิเสธอย่างหนัก ต่อการตัดสินใจของกรมศิลปากรของไทย ในการขึ้นทะเบียนโบราณสถานเพิ่มเติม โดยรวมปราสาทตาเมือน ปราสาทตาควาย ปราสาทคนา และโบราณสถานอื่นๆ ที่ตั้งอยู่บริเวณชายแดน ซึ่งตั้งอยู่ภายใต้อำนาจอธิปไตยของราชอาณาจักรกัมพูชา
แถลงการณ์ของกระทรวงวัฒนธรรมฯ กัมพูชา ระบุว่า การดำเนินการฝ่ายเดียวนี้ ถือว่าเป็นเรื่องที่ผิดกฎหมาย เป็นโมฆะ และไม่มีผลทางกฎหมายใดๆ การขึ้นทะเบียนดังกล่าวปราศจากมูลความจริงโดยสิ้นเชิง และไม่อาจใช้เป็นหลักฐานอ้างสิทธิอธิปไตยเหนือดินแดน หรือใช้เป็นเครื่องมือในการกำหนดเขตแดนได้ ไม่ว่ากรณีใดๆ
ประเด็นเรื่องอธิปไตยและการปักปันเขตแดนระหว่างกัมพูชากับไทยนั้น จะต้องได้รับการแก้ไขอย่างเคร่งครัดตามกฎหมายระหว่างประเทศ รวมถึงสนธิสัญญาฝรั่งเศส-สยาม ปี พ.ศ.2450 และเอกสารที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนผ่านกลไกทวิภาคีที่มีอยู่ โดยเฉพาะบันทึกความเข้าใจปี 2543 (MOU43) กรอบอ้างอิงปี 2546 (TOR 2546) และอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมาธิการเขตแดนร่วม (JBC) กระทรวงวัฒนธรรมฯ ได้พิจารณาแล้วว่า การขึ้นทะเบียนดังกล่าวเป็นความพยายามที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายในการสร้างภาพลักษณ์ทางกฎหมายเทียมเหนือแหล่งวัฒนธรรมที่ตั้งอยู่ในเขตปกครองของราชอาณาจักรกัมพูชา การกระทำดังกล่าวถือเป็นการละเมิดอธิปไตยและบูรณภาพแห่งดินแดนของกัมพูชา และบ่อนทำลายเจตนารมณ์แห่งการเจรจาโดยสันติและความเคารพซึ่งกันและกันระหว่างสองประเทศ
กระทรวงวัฒนธรรมฯ กัมพูชา ขอเรียกร้องให้รัฐบาลไทยถอนการขึ้นทะเบียนที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายดังกล่าวโดยทันที และงดเว้นการดำเนินการฝ่ายเดียวใดๆ ที่จะบั่นทอนความพยายามของกัมพูชาในการแก้ไขปัญหาอย่างสันติ ผ่านกลไกทวิภาคี และว่า ราชอาณาจักรกัมพูชายังคงยึดมั่นอย่างแน่วแน่ต่อการแก้ไขทุกประเด็นที่ยังคงค้างอยู่ด้วยสันติวิธี ภายใต้การเคารพอย่างเต็มที่ต่อกฎหมายระหว่างประเทศและกลไกทวิภาคีที่ได้จัดตั้งขึ้น